इंदिरा गांधी राष्ट्रीय कला केन्द्र के संरक्षण प्रभाग का गठन सन् 2003 में वुनियादी सुविधाओं के साथ किया गया था। इस प्रभाग को परिरक्षात्मक संरक्षण, संरक्षण प्रशिक्षण, पुस्तकों, पाण्डुलिपियों, चित्रकला और वस्तुओं (धातु, काष्ठ की वस्तुओं एवं मानव जाति विज्ञान संबंधी वस्तुओं आदि) के संरक्षण में विशेषज्ञता हासिल है। संरक्षण प्रभाग ढलवां लोहे की वस्तुओं और जंग परिवर्तकों के क्षेत्र में शोध एवं प्रलेखन परियोजनाएं भी चलाता है। इंदिरा गांधी राष्ट्रीय कला केन्द्र पिछले 10 वर्षों से अवसंरचना, उपकरणों और अपने मानव संसाधन के प्रशिक्षण के संदर्भ में अपनी संरक्षण प्रयोगशाला के आधुनिकीकरण का प्रयास करता रहा है। प्रयोगशाला के पास योग्य संरक्षक हैं जो राष्ट्रीय संग्रहालय संस्थान, राष्ट्रीय सांस्कृतिक संपदा संरक्षण अनुसंधानशाला, दिल्ली इंस्टीट्यूट ऑफ हेरिटेज रिसर्च एंड मैनिजमॅन्ट तथा अलीगढ़ मुस्लिम विश्वविद्यालय से लिए गए हैं। यह प्रयोगशाला, संरक्षण के सुस्थापित सिद्धांतों के पालन के प्रति बहुत सतर्क है। इस प्रयोगशाला में किए गए सभी उपचार न्यूनतम हस्तक्षेप एवं प्रतिवर्त्यता के सिद्धांत पर आधारित हैं। इस प्रभाग का सहयोग अनेक भारतीय एवं विदेशी संस्थाओं के साथ है। इस समय इसे देश में उत्कृष्ट संरक्षण प्रयोगशाला माना जाता है।